経緯

yay -Sua --sudoloopでアップデートをしていて最後のpacmanでのインストールのフェーズで(おそらく。当時の状況はあまり覚えていない(別の作業をしていた))カーネルパニックが起こった¹²。 エラーログ自体はswap(swapパーティションとzramを使用している)のRead-errorおよびその後nvmeのBuffer I/O error(cacheかな?)とEXT4のエラーだった。

このとき、NTFSの方³の方もおかしくなって、再起動時のマウントができなくなっていた。 これはWindowsを起動してchkdsk /FしてLinuxに戻ったら直った。

そのあと、zoteroを起動しようとしたら

1. desktopファイルが消えていた
2. shellから起動しようとすると、ファイルが壊れてるとかで起動できない

というようなのが見られ、yayのcacheのpkgファイルからpacman -Uでインストールしようとしたらファイルの衝突でインストールができなかった。 あと、このとき、dbのロックファイルも残っていた(強引に消した)。

==> 作成完了: zotero-bin 7.0.18-1 (2025年06月26日 15時40分23秒)
==> 清掃...
 -> /var/lib/pacman/db.lck が存在します。
 -> 他の Pacman インスタンスが実行中です。待機します...
[sudo] qwjyh のパスワード:
パッケージをロード...
依存関係を解決しています...
エラー: ファイル /var/lib/pacman/local/google-chrome-138.0.7204.49-1/desc を開けませんでした: そのようなファイルやディレクトリはありません
衝突するパッケージがないか確認しています...

パッケージ (2)    古いバージョン  新しいバージョン  最終的な変化

zotero-bin        7.0.16-1        7.0.18-1            213.40 MiB
zotero-bin-debug  7.0.16-1        7.0.18-1              0.07 MiB

合計インストール容量:  213.47 MiB

:: インストールを行いますか？ [Y/n]
(2/2) キーリングのキーを確認                                                      [-----------------------------------------------] 100%
(2/2) パッケージの整合性をチェック                                                [-----------------------------------------------] 100%
(2/2) パッケージファイルのロード                                                  [-----------------------------------------------] 100%
(2/2) ファイルの衝突をチェック                                                    [-----------------------------------------------] 100%
エラー: 処理を完了できませんでした (衝突しているファイル)
zotero-bin: /usr/bin/zotero がファイルシステムに存在しています
zotero-bin: /usr/lib/zotero/Throbber-small.gif がファイルシステムに存在しています
zotero-bin: /usr/lib/zotero/app/application.ini がファイルシステムに存在しています
コピー

pacman -Qoでそれらファイルを見ようとしてgoogle-chrome-stableの/var/lib/pacman/local/google-chrome-138.0.7204.49-1/descがないとエラーがでて、コマンドが動かなかった。

pacmanのログ(/var/log/pacman.log)をみると、明らかに途中で以上終了していた。

[2025-06-26T05:34:58+0900] [ALPM] installed sqliteodbc-debug (0.99991-2)
[2025-06-26T05:34:58+0900] [ALPM] upgraded otf-mplus-git (r483.9a47d62-1 -> r487.03de44b-1)
[2025-06-26T05:35:00+0900] [ALPM] upgraded zotero-bin (7.0.15-1 -> 7.0.16-1)
[2025-06-26T05:3[2025-06-26T15:42:04+0900] [PACMAN] Running 'pacman -U --config /etc/pacman.conf -- /home/qwjyh/.cache/yay/zotero-bin/>
[2025-06-26T16:01:53+0900] [PACMAN] Running 'pacman -S pacutils'
[2025-06-26T16:01:54+0900] [ALPM] transaction started
[2025-06-26T16:01:54+0900] [ALPM] installed pacutils (0.15.0-1)
[2025-06-26T16:01:55+0900] [ALPM] transaction completed
コピー

というわけでまとめると、pacman実行中にカーネルパニックになってしまい、dbが壊れた状態になってしまった。 以下は対処のメモ。

対処

結論

今回はAURのパッケージだったため、

pacman -U <google-chrome-stable.pkg.zst> --dbonly
pacman -U <google-chrome-stable.pkg.zst> --overwrite '*'
コピー

これらで直った。 なお、当然だがどちらも普段使いしていいオプションではない。

zotero-binなどのパッケージも壊れていたので--overwriteを実行⁴。

補足

このフォーラムが参考になった。 残念ながら、Arch Wiki(ここなど)には同じ状況のトラブルシュートはなかった(Wikiのほうにはより深刻な状況のものが多かった)。

終わりに

復旧はできたので良かった。

根本のカーネルパニックの原因は調べきれていないので少し心配… (最近PCにガタがでてきた(爪が折れる、ヒビが入る、キーボードが反応しない(Shift, Enter, m, vあたり)、などなど)のでかなり不安である。来年の春辺りまではこれを使いたいが)